Woda jest naturalnym, odnawialnym źródłem pozyskiwania energii. Nic więc dziwnego, że w świadomości większości z nas elektrownie wodne funkcjonują jako przejaw ekologicznego podejścia do kwestii energetyki. Tymczasem z punktu widzenia ekologów może okazać się, że elektrownie wodne, choć nie zanieczyszczają środowiska, mają też negatywny wpływ na funkcjonowanie ekosystemów.

Wszelkie nacieki wodne, na których stawiane są elektrownie, stanowią element środowiska naturalnego. Ich powstanie zakłóca więc naturalne życie tego ekosystemu. Powyżej progu spiętrzania wody powstaje długa nawet na kilkaset metrów cofka, w której można zaobserwować między innymi zamulenie koryta.

Taki stan rzeczy może prowadzić do przegrzewania się wody w czasie upałów. Pogarsza też jakość wody i znacząco zmniejsza jej zdolność do samooczyszczania, co prowadzi do kumulowania się mułu, zanieczyszczeń i substancji toksycznych na dnie rzeki. Problemy pojawiają się również w korycie rzeki poniżej przegrody.

Tam też zwiększeniu ulega erozja denna, a co za tym idzie – obniżeniu ulega dno rzeki oraz poziom wód gruntownych. Wszystkie te elementy związane są również z zanikiem żwiru.